华北农学报

作者：龙熙, 柴捷, 陈力, 潘红梅, 张亮, 陈四清, 郭宗义, 张廷焕

单位：重庆市畜牧科学院,重庆 402460

关键词：盆周山地猪,50K SNP芯片,保种群体,遗传结构,保种效果,

基金：重庆市自然科学基金面上项目(cstc2021jcyj-msxmX0800); 重庆市技术创新与应用发展专项产业类重点项目(cstc2019jscx-gksbX0099); 重庆市绩效激励引导专项项目(19540); “十二五”农村领域国家科技计划课题子课题(2015BAD03B02-6)

为了更好地保护和利用盆周山地猪这一遗传资源,利用猪50K SNP芯片,对盆周山地猪保种群内所含的152头健康种猪进行了SNP检测,利用Plink软件计算群体的多态性标记比例、期望杂合度、观测杂合度,SNeP(V1.1)软件计算有效群体含量;利用Plink软件构建状态同源(IBS)矩阵,Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵;利用Mega X(V10.0)分析盆周山地猪保种群家系结构;利用Plink软件计算每个样本的连续性纯合片段(ROH)个数和长度,并计算基于ROH的近交系数。结果表明,整个盆周山地猪保种群体的多态性标记比例为0.660 1,有效群体含量为7.4头;群体期望杂合度为0.289 2、观测杂合度为0.294 7;群体平均IBS遗传距离为(0.234 1± 0.027 3),公猪的平均IBS距离为(0.228 0±0.033 5);现有群体大致可分为5个包含公猪的家系和1个不含公猪的家系,家系A和D的公猪数量相对较少;在盆周山地猪保种群中共发现ROH片段3 737个,含21~25个ROH的个体数量占比最多(32.24%),ROH长度在100~200 Mb的个体数量占比最多(42.11%),群体平均近交系数为0.085。综上所述,盆周山地猪保种群体遗传多样性较丰富,但部分个体间存在较大的近交风险,群体家系较少,个别家系内公猪个体数量少,存在血统流失风险。

来源：2022年第S1期

《华北农学报》期刊编辑部

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