华北农学报

作者：安清明, 王星, 吴震洋, 孟金柱, 赵园园, 宋兴超

单位：贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室,铜仁学院 农林工程与规划学院,贵州 铜仁 554300

关键词：贵州白山羊,RNA-Seq技术,不同性别,生长发育,差异表达基因,

基金：贵州省科技计划项目(黔科合支撑[2020]1Y029); 贵州省重点实验室项目(黔科合平台人才[2020]2003); 铜仁市科技局科技支撑计划项目(铜市科研[2020]128); 铜仁市科技局科技计划项目(铜市科研[2020]75); 铜仁学院创新团队(CXTD-202019)

胴体生长发育是影响山羊养殖效益的重要评价指标,旨在通过RNA-Seq技术挖掘不同性别贵州白山羊生长发育的关键候选基因,为贵州白山羊生长发育研究提供理论依据,以同等饲养水平条件下贵州白山羊为研究对象,测定2周龄不同性别贵州白山羊的屠宰性能指标,通过背最长肌转录组分析,筛选差异表达基因,分析相关基因的信号通路,最后通过RT-qPCR对筛选的基因进行验证。结果表明,测序得到的Raw reads进行过滤后,6个样本共得到78.99 Gb Clean Data,单个样本获得Clean reads 在83 030 104~95 739 024条,各样本与参考基因组的比对效率在93.75%~94.79%,共获得25 089个表达基因,筛选差异表达基因共获得1 077个差异基因,其中194个为新发现转录本基因,发现的差异基因中563个在公羊背最长肌中表达显著上调,514个表达显著下调。对获得的1 077个差异基因进行GO功能富集分析,其中587个为显著富集(Q-value≥0.05),主要分为三大类35个亚类。KEGG信号通路分析发现,这些差异基因共参与243条信号通路,其中参与PI3K/AKT信号通路相关的基因最为富集,共注释到32个基因,其中17个注释基因显著上调,1个显著下调,且在该通路中COL4A1和COL4A2基因编码蛋白共表达估值最高,ITGAV基因编码蛋白互作最为丰富。筛选出6个与贵州白山羊背最长肌生长发育相关的差异表达基因进行验证,其中FHL3、WFIKKN2、SOX6基因在公羊背最长肌中为上调基因,QSOX2、MYH2、LAP基因为下调基因,RT-qPCR结果显示,这6个候选基因的mRNA表达趋势与转录组测序结果一致,且差异均较为显著(P<0.05),表明测序结果可靠。基于RNA-Seq技术筛选出不同性别贵州白山羊背最长肌的差异表达基因1 077个,其中194个为新发掘转录本基因,筛选的差异表达基因及PI3K/AKT信号通路与贵州白山羊背最长肌生长发育相关。

来源：2022年第3期

《华北农学报》期刊编辑部

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