华北农学报

作者：李曼, 史晓蕾, 邸锐, 刘志芳, 孟庆民, 付才, 杨春燕, 王冬梅, 张孟臣, 张洁, 闫龙

单位：1.华北作物改良与调控国家重点实验室,河北省植物生理与分子病理学重点实验室,河北农业大学 生命科学学院,河北 保定 071001；2.河北省农林科学院 粮油作物研究所,国家大豆改良中心石家庄分中心,农业农村部黄淮海大豆生物学与遗传育种重点实验室,河北省作物遗传育种实验室,河北 石家庄 050035；3.河北省种子总站,河北 石家庄 050031；4.河北省农林科学院 遗传生理研究所,河北 石家庄 050051

关键词：大豆,分子标记,长片段插入/缺失标记,遗传多样性分析,

基金：河北省农林科学院创新工程项目(2019-4-3-2)

为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记,以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料,通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记,并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建。结果表明,在参试材料中,共检测到插入/缺失片段长度大于20 bp的InDel标记66 561个,平均每条染色体InDel标记的数量为3 262个;位于内含子的InDel占比12.35%,位于基因上游序列和下游序列的InDel占比分别为25.83%,20.44%,位于基因间隔区的InDel占比34.39%,位于外显子的InDel占比0.19%,位于5'-UTR和3'-UTR的InDel占比分别为0.93%和1.51%;片段长度介于20~40 bp的InDel数量为42 453个,41~60 bp为13 044个,61~80 bp为5 034个,81~100 bp为2 285个,大于100 bp为2 413个;从检测到的66 561个InDel位点中,根据插入/缺失片段长度,在基因组中随机选区160个InDel位点,利用引物设计、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,在55 ℃的退火温度条件下,开发出32个有且仅有2个等位变异、基于1%琼脂糖凝胶电泳技术易于分辨的长片段插入/缺失标记。应用新开发的32个标记,构建了2018年黄淮海大豆多点鉴定96个参试品系DNA指纹图谱,参试的大豆材料纯度为96.84%,没有同物异名现象发生。研究开发的InDel标记稳定可靠、操作简便,可应用于大豆DNA指纹图谱构建、种子纯度检测等工作。

来源：2022年第1期

《华北农学报》期刊编辑部

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