华北农学报

作者：武悦, 陈阳, 王星哲, 单飞彪, 张勇, 孙鸿举

单位：1.内蒙古大学 生命科学学院,内蒙古 呼和浩特 010020；2.巴彦淖尔市农牧业科学研究院,内蒙古 临河 015000

关键词：扁茎黄芪,转录组,生物信息学,Unigene,分子标记,

基金：内蒙古自治区应用技术研究与开发资金资助项目(5213322)

为获得扁茎黄芪转录组信息及功能基因表达特征,以扁茎黄芪的幼苗叶片为材料,利用Illumina HiSeq平台进行转录组测序及生物信息学系统分析。结果显示,共获得扁茎黄芪Unigene 19 280条,总长23 472 470 bp,其中GC含量达42.74%,测序质量和组装效果较好。通过Blast分析后,分别有12 541,10 120,9 412,8 953,7 494,5 052条Unigene在Nr、Swiss-Prot、GO、KEGG、KOG、COG数据库获得注释。注释到的扁茎黄芪Unigene同源物种以豆科植物为主,尤其是与其同属蝶形花亚科的鹰嘴豆、蒺藜苜蓿和相思子匹配度较高,分别占31.49%,14.50%,11.65%;扁茎黄芪注释Unigene涉及3个GO类别,354条KEGG代谢通路和25个KOG功能分类,其中富集最多的类别分别为代谢过程、一般功能预测和嘌呤代谢,说明扁茎黄芪幼苗期的叶片细胞具有活跃的新陈代谢活动,基因表达丰富。另外,扁茎黄芪Unigene在KEGG数据库中的感染性疾病类别获得较多注释,表明其植株部位也可能具有药用价值。利用MISA软件挖掘到5 849个SSR位点,SSR出现频率30.34%。扁茎黄芪基因组内SSR位点丰富、类型多样化,单碱基至六碱基重复全部出现,其中单碱基丰度最高,占40.56%,以A/T、AG/CT和AAG/CTT为优势基元。

来源：2022年第1期

《华北农学报》期刊编辑部

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