华北农学报

作者：梅瑜, 李向荣, 蔡时可, 顾艳, 王继华

单位：1. 广东省农业科学院 作物研究所, 广东省农作物遗传改良重点实验室, 广东 广州 510640;；2. 汕尾市陆河县农业农村局, 广东 汕尾 516600

关键词：甘葛藤,药食同源,全长转录组,育种,

基金：广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室开放研究基金（201909）；科技创新战略专项资金（高水平农科院建设）-金颖之星（R2019PY-JX003）；汕尾市农业专项（7028）

为了深入了解甘葛藤转录组的整体水平及黄酮类生物合成通路基因。利用高通量测序PacBio Sequel平台，以甘葛藤根、茎、叶的混合样品为材料，使用单分子长读数测序技术（SMRT）对甘葛藤进行全长转录组测序及分析。平台共获得10 994 967个高质量reads和384 072条全长非嵌合序列（FLNC），测序数据经质控后获得90 856个转录本；获得的所有转录本经NR、SwissProt、KOG、KEGG、GO数据库进行注释和功能分类，结果有85 239个单基因被注释，NR注释数量最多为84 675个，占93.2%；KEGG注释的基因最少，22 330个基因被注释到132条途径，代谢途径分布的基因较多（9 368，41.95%）。预测到3 507个转录因子，bHLH转录因子家族的基因最多。14 127个基因被分配到17个R基因类别，主要为RLP类。检测到33 660个SSR序列，多为AG/CT类型。分析黄酮类生物合成途径，发现与黄酮类合成相关的基因110个，其中，26个编码HCT，3个编码CHS，7个编码CHI。PacBio测序平台能获得更长的转录本，SMRT技术能够深入挖掘甘葛藤转录数据，比第二代测序技术能够获得更高的转录本注释率。在高通量全长转录组水平对甘葛藤进行了研究，为甘葛藤的分子生物学研究提供了较可靠、全面的转录组数据，为进一步开发甘葛藤的分子标记和挖掘优良基因提供了科学依据。

来源：2021年第5期

《华北农学报》期刊编辑部

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