华北农学报

作者：董辉, 杨莉, 李莉, 张建军, 范婧芳, 宋世佳, 杨雷, 李海山

单位：1. 河北省农林科学院 石家庄果树研究所, 河北 石家庄 050061;；2. 河北省农林科学院, 河北 石家庄 050031;；3. 河北省植保植检总站, 河北 石家庄 050035

关键词：栽培草莓,SLAF-seq,SNP标记,高密度遗传图谱,

基金：河北省自然科学基金资助项目（C2018301047）；河北省高层次人才资助项目（A201802016）；河北省科学技术研究与发展计划项目（16226313D-4）；河北省农林科学院创新工程项目（C19C0701-03）；河北省农林科学院创新团队项目（F20E06001-2）；河北省农林科学院青年基金项目（2018100103）

为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱，以国产草莓品种红星为母本，日本草莓品种红颜为父本构建F1群体，采用SLAF-seq技术和HighMap软件，对2个亲本和200个F1子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建。通过高通量测序，共获得565 919 066 reads，平均质量Q30为95.36%，平均GC含量为39.68%，样本GC分布正常。通过生物信息学分析，共获得717 881个SLAF标签，2 136 939个SNP标记，其中有56 237个SNP为高质量标记可用于遗传图谱标记的定位和构建。共构建了28个连锁群，总图距为4 022.16 cM，该图SNP标记14 412个，完整度为99.84%，标记间的平均距离为0.28 cM。通过对遗传图谱单体来源进行评估，结果表明每个个体中较大区段均来源于亲本；通过连锁关系热图对相邻标记间的连锁关系进行分析，结果表明，每个连锁群上的大部分标记顺序与基因组保持一致，标记顺序正确，图谱质量高。这是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技术构建的高密度SNP遗传图谱，为栽培草莓的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础。

来源：2020年第6期

《华北农学报》期刊编辑部

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