华北农学报

北大核心,JST,CSCD,WJCI,

国内刊号:13-1101/S

国际刊号:1000-7091

华北农学报杂志2020年第5期:牦牛lncFAM200B的克隆鉴定、表达及生物信息学分析

发布日期:

作者:赵丽玲, 王会, 柴志欣, 王吉坤, 王嘉博, 武志娟, 信金伟, 钟金城, 姬秋梅

单位:1. 西南民族大学 青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省、教育部重点实验室, 四川 成都 610041;;2. 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室, 西藏 拉萨 850000

关键词:牦牛,<i>lncFAM200B</i>,克隆,组织表达,肌肉发育,

基金:西南民族大学研究生创新型科研项目(CX2019SZ77);国家肉牛牦牛产业技术体系项目(CARS-37);青藏高原生态畜牧业协同创新中心开放基金(QZGYXT02);西藏自治区财政专项(XZNKY-2019-C-052)

旨在克隆鉴定牦牛lncFAM200B,为探索其在牦牛肌肉和脂肪发育过程中的调控作用奠定基础。以臀肌cDNA为模板,设计特异性引物扩增lncFAM200B全长序列,用在线软件CPC、CPAT对该lncRNA的编码能力进行预测,进一步通过原核表达试验鉴定其编码能力;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对lncFAM200B进行组织表达分析,通过TargetScan 7.1和miRanda预测与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,利用DAVID在线软件对靶基因进行GO和KEGG分析。结果显示,牦牛lncFAM200B长度为531 bp;相较于普通牛多59 bp,编码潜能为-1.287 4,且原核表达试验验证该lncRNA不具备蛋白编码能力,表明牦牛lncFAM200B确为lncRNA;组织表达谱研究表明,lncFAM200B在牦牛肺脏组织中表达量较高。与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,如Sirt1、SCD5、KLF9、PTEN和MYPN等,与肌肉和脂肪发育相关。为进一步探讨牦牛lncFAM200B在肌肉和脂肪发育中的生物学功能提供参考依据。

来源:2020年第5期

《华北农学报》期刊编辑部

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