华北农学报

北大核心,JST,CSCD,WJCI,

国内刊号:13-1101/S

国际刊号:1000-7091

华北农学报杂志2020年第4期:转录组解析外源ABA对玉米脱水速率的影响

发布日期:

作者:李川, 黄璐, 张美微, 张盼盼, 刘京宝, 牛军, 乔江方

单位:河南省农业科学院 粮食作物研究所, 河南 郑州 450002

关键词:玉米,穗位叶,外源ABA,高通量转录组测序,差异表达基因,脱水速率,

基金:国家自然科学基金项目(31701368);河南省农业科学院优青项目(2020YQ03);“十三五”国家重点研发计划项目(2018YFD0300702;2017YFD0301102;2018YFD0200605);河南省农业科学院自主创新项目

为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeqTM2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517(脱水速率较快)和郑单1002(脱水速率较慢)的穗位叶进行高通量转录组测序。原始序列经过质量控制、基因组比对、测序饱和度、基因覆盖度及冗余序列分析后进行基因功能注释。结果显示,迪卡517外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到1 732个差异表达基因,其中1 251个为上调表达基因,481个为下调表达基因;郑单1002外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到52个差异表达基因,其中24个为上调表达基因;迪卡517外源ABA处理与郑单1002外源ABA处理对比组检测到3 867个差异表达基因,其中1 946个为上调表达基因。不同对比组中筛选到差异表达基因GO分类情况、COG基因产物分类、KEGG代谢通路分析不同。转录因子分析共获得多个重要的转录因子家族,主要有AGC蛋白激酶家族、AP2/ERF转录因子家族、ARID转录因子、AUX/IAA转录因子家族、Alfin-like转录因子、Aur转录因子家族、B3转录因子家族、BBR-BPC转录因子家族、BES1转录因子、BUB转录因子、C2C2-CO-like转录因子等。Zm00001d035000、Zm00001d042063、Zm00001d045314等共同差异表达基因均在迪卡517和郑单1002中表达。对所有检测到的差异表达基因GO分类分析获得73个差异表达基因与水分代谢相关,推测这些基因作为外源ABA调控的下游基因起作用。

来源:2020年第4期

《华北农学报》期刊编辑部

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