华北农学报

作者：张羽, Francois Belzile

单位：1. 陕西理工大学 生物科学与工程学院, 陕西 汉中 723000;；2. Département de Phytologie, Université Laval, Québec, QC, Canada G1V 0A6

关键词：大豆,菌核病,GWAS,单个SNP,单倍型,

基金：陕西理工大学访问学者项目；陕西省农业厅项目；陕西省教育厅项目（18JK0170）

找到大豆与抗菌核病强关联的候选位点或候选基因，为抗病基因克隆和抗病分子标记开发提供借鉴，服务大豆抗菌核病育种。对126个加拿大大豆品种的基因组DNA用Ape k Ⅰ酶消化后Illumina Hiseq2000平台测序进行基因分型，供试的126个材料用棉垫接种核盘菌菌丝体进行表型鉴定。采用Structure 2.3.4、SPSS 20.0、TASSEL 5.0和PLINKv 1.07软件分别模拟群体遗传结构、二元主成分分析、邻接法聚类，进行SNP-phenotype和Haplotype-phenotype的关联分析（只考虑加性效应）。最小等位基因频率0.01过滤，得到30 125个SNPs。主成分及群体结构聚类结果中度一致，将126个供试材料划分为2个组群，Kappa聚类一致度检验K=0.44。邻接法（The neighbor-joining algorithm，NJ）聚为3个组群。α≤0.05时，在单个SNP-phenotype的关联研究中，最强关联在3号染色体物理位置34387780、34387823和34387841处（P值都为8.669E-7），可分别解释表型变异的17.80%，其次在20，1，4，17号染色体上。Haplotype-phenotype的关联分析中，最强关联在17号染色体物理位置5575883/5647814/5648648/5734897处（P值为1.038E-6），可解释表型变异的17.56%。200 kb范围内，3号染色体上的候选基因有Glma.03g129100、Glma.03g129200、Glma.03g129300、Glma.03g129500、Glma.03g129800、Glma.03g129900。17号染色体上为Glma.17g071300、Glma.17g072200、Glma.17g073300。

来源：2020年第1期

《华北农学报》期刊编辑部

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