华北农学报

北大核心,JST,CSCD,WJCI,

国内刊号:13-1101/S

国际刊号:1000-7091

华北农学报杂志2019年第S1期:拟环纹豹蛛响应温度胁迫SNP位点挖掘及其功能注释分析

发布日期:

作者:王祥银, 孙良玉, 刘靖, 肖榕

单位:贵州大学 农学院, 贵州省山地农业病虫害重点实验室, 贵州 贵阳 550025

关键词:拟环纹豹蛛,温度胁迫,单核苷酸多态性,

基金:贵州省科技厅科技支撑项目(黔科合支撑[2018]2354号);贵州省教育厅青年科技人才成长项目(黔教合KY字[2017]109号);贵州省科技计划项目(黔科合平台人才[2018]5781号)

单核苷酸多态性(SNP)是基因组中普遍存在的遗传变异,是一种重要的遗传标记。为了解拟环纹豹蛛转录组中响应温度胁迫的SNP候选位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能注释,主要采用SOAPsnp软件对拟环纹豹蛛在不同温度胁迫条件下的转录组测序结果进行SNP检测,并把SNP所在基因SNP-Unigenes比对到GO、COG、KEGG数据库,获得SNP-Unigenes的注释及参与的功能情况。结果表明:拟环纹豹蛛转录组SNP位点分布在7 421条SNP-Unigenes上,共存在402 910个SNP位点,SNP发生频率为1/301 bp;功能注释分类揭示拟环纹豹蛛在低温胁迫和高温胁迫条件下,SNP-Unigenes主要参与蛋白质转运、核糖体代谢、氧化磷酸化和氨基酸代谢功能,从而补偿热应力下蛋白质的损伤,加快拟环纹豹蛛对温度变化的适应。综上,筛选到拟环纹豹蛛响应温度胁迫相关的SNP位点或SNP-Unigenes,为将来深入研究拟环纹豹蛛响应温度胁迫的分子机制提供基础数据。

来源:2019年第S1期

《华北农学报》期刊编辑部

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