华北农学报

作者：雷阳, 成妍, 乔宁, 焦彦生, 苗如意, 杨玉花

单位：1. 山西省农业科学院 蔬菜研究所, 山西 太原 030031;；2. 山西省农业科学院 农作物品种资源研究所, 山西 太原 030031

关键词：辣椒,辣椒疫病,转录组,差异表达基因,功能,

基金：山西省农业科学院博士研究基金（YBSJJ1706）；山西省农业科学院重点攻关项目（YGG1620）

为了研究辣椒抗疫病分子机制，探究其与抗疫病相关的功能基因，通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定，选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料，利用Illumina RNA-seq测序平台进行高通量转录组测序，将所得高质量的序列（Clean reads）与Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0参考基因组进行比对。结果显示，有78.95%~85.11%的Clean数据比对到唯一的基因组位点。采用RPKM法计算基因表达量，并在此基础上以FDR≤0.001和|log2 Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因。通过排列前10的Gene Ontology（GO）分类可以看出，主要功能有氧化还原酶活性、碳氧裂解酶活性、过氧化物酶活性、代谢过程和逆境响应等过程。其中，有117个差异基因能归入KEGG通路，包括25个上调差异基因，92个下调差异基因。在这些通路中，包括泛素介导的蛋白水解作用、氧化磷酸化、植物激素信号转导、磷脂酶D信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等过程。通过研究发现，辣椒抗疫病是一个高度复杂的过程，它由多个交叉通路调节，包括新陈代谢过程、防御反应、激素调节等，这为后期深入研究辣椒抗疫病分子机理奠定基础。

来源：2019年第3期

《华北农学报》期刊编辑部

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